KBF   |   KFKL   |   KJFSF   |   KTFA   |   ODF Prihlásenie
Logo UFV Slovak English

Študijný program: Biofyzika



Téma: Štúdium biofyzikálnych vlastností proteínov odvodených z vlákna európskeho záhradného pavúka Araneus diadematus


Školiteľ: doc. RNDr. Erik Sedlák, PhD., / Centrum interdisciplinárnych biovied TIP-UPJŠ

Školiteľ špecialista: RNDr. Gabriel Žoldák, PhD., / Centrum interdisciplinárnych biovied TIP-UPJŠ

Forma štúdia: denná

Anotácia: Dizertačná práca je zameraná na detailnú analýzu vlastností proteínov odvodených z pavúčích vlákien – konkrétne ADF4 sekvencie “dragline” fibroínu 4 z európskeho záhradného pavúka Araneus diadematus. Pavúčie vlákna sa vyznačujú unikátnymi vlastnosťami – sú to biokompatibilné materiály s ohromnou pevnosťou dosahujúcou až 1400 MPa, čo predstavuje trojnásobok pevnosti nerezovej ocele. Výnimočné materiálové vlastnosti pavúčieho vlákna sú určené jeho relatívne komplikovanou hierarchickou vnútornou štruktúrou pozostávajúcich z mikrovlákien, ktoré sú ďalej tvorené navzájom interagujúcimi krížovými -fibrilami. V súčasnosti sú krížové -fibrily v centre záujmu výskumu materiálových nanotechnológií, pretože predstavujú sľubný základný stavebný blok pre “bottom-up” tvorbu nových biokompatibilných modulárnych mezoskopických štruktúr. Dizertačna práca sa ďalej zameria na detailne pochopenie procesov tvorby mikrovlákien a na termodynamicku analýzu sprevádzajúcich štruktúrnych procesov.

Téma: Sledovanie mechanizmu bunkových odpovedí na oxidatívny stres: časovo-rozlíšené zobrazovanie bunky


Školiteľ: RNDr. Veronika Huntošová, PhD., / Centrum interdisciplinárnych biovied TIP-UPJŠ

Školiteľ špecialista: RNDr. Zuzana Naďová, PhD.

Forma štúdia: denná

Anotácia: Hlavným cieľom dizertačnej práce je použitie časovo-rozlíšenej fluorescenčnej mikroskopie pri monitorovaní odpovedí bunky na oxidatívny stres. Keďže klasická mikroskopia je intenzitne závislá, viaceré javy odohrávajúce sa na úrovni interakcií molekula-molekula, molekula- biomolekula a molekula bunková štruktúra, je nutné skúmať pomocou merania dôb života fluorescenčných, či fosforescenčných farbičiek (FLIM/PLIM). Takto budeme vedieť nielen to kde sa daná molekula nachádza, ale aj v akom prostredí. FLIM/PLIM bude použitý najmä na sledovanie dôležitých agentov signálnych dráh, ktoré budú ofarbené imuno-fluorescenčne. Na základe zmien vo FLIM/PLIM bude vyhodnotený vplyv daných agentov na prežívanie buniek.

Téma: Sledovanie rezistencie buniek a apoptózy v 3D sféroidoch: prepojenie funkcie proteín kinázy C a ABC transportérov


Školiteľ: RNDr. Veronika Huntošová, PhD., / Centrum interdisciplinárnych biovied TIP-UPJŠ

Školiteľ špecialista: RNDr. Zuzana Naďová, PhD.

Forma štúdia: denná

Anotácia: Hlavným cieľom dizertačnej práce je sledovať prepojenie proteín kinázy C a ABC transporterov v procese apoptózy a všeobecne odpovede buniek na stimuláciu pomocou rôznych liečiv. Preferenčne sa bude dávať dôraz na nádorové ochorenia. Keďže nádory sú sférické útvary, štúdium bude prevedené na 3D sféroidoch a výsledky ako aj mechanizmus bude porovnávaný s výsledkami získanými z monovrstiev daných typov bunkových línií. Proteín kináza C (PKC) je zodpovedná za fosforyláciu a následne funkciu viacerých enzýmov, ktoré sú aktívne v signálnych dráhach apoptózy. Vzhľadom na častú rezistenciu nádorov na liečbu je preto zaujímavé skúmať mechanizmus pôsobenia PKC na proteíny zodpovedné za „multi-drug“ rezistenciu. Takými sú napríklad aj ABC transportéry. Mechanizmus sa bude zisťovať použitím dostupných techník prístupných v Centre Interdisciplinárnych biovied a na Katedre biofyziky: steady state a časovo-rozlíšená mikroskopia, spektroskopia, western blot, rôzne izolačné techniky pre stanovovanie expresie jednotlivých proteínov priamo v bunke.

Téma: Nanočastice vo vzťahu k amyloidnej agregácii proteínov


Školiteľ: RNDr., Ing. Katarína Šipošová, PhD., /ÚEF SAV

Školiteľ špecialista: doc. RNDr. Peter Kopčanský, CSc., /ÚEF SAV

Forma štúdia: denná

Anotácia: Samozbaľovaniu proteínov, ktoré vedie k formovaniu amyloidných fibrilárnych útvarov sa venuje značná pozornosť v biomedicínskom výskume, ako aj v chémii bielkovín v dôsledku ich účasti na mnohých neurodegeneratívnych poruchách. Dizertačná práca je venovaná/rozdelená na tri kľúčové úlohy: i) návrh nanočastíc s vhodnou povrchovou úpravou a študovanie ich účinku na formovanie a deštrukciu amyloidných fibríl; ii) štúdium mechanizmu interakcie nanočastíc s amyloidogénnymi proteínmi; (iii) zvýšenie účinku nanočastíc na proces amyloidogenézy ko-aplikáciou rôznych typov žiarenia, ako je napr. hypertermia, fototerapia a ďalšie.

Téma: Automatizácia a robotizácia biofyzikálnych experimentov


Školiteľ: doc. Zoltán Tomori, PhD., /ÚEF SAV

Školiteľ špecialista: doc. Mgr. Gregor Bánó, PhD.

Forma štúdia: denná

Anotácia: "Svetelná robotika" je novým smerom optickej mikromanipulácie integrujúcim poznatky biofotoniky, robotiky a umelej inteligencie. Robot o veľkosti niekoľko mikrónov vytvorený 3D nanotlačiarňou na báze 2-fotónovej polymerizácie je poháňaný sústavou laserových lúčov pomocou "optickej pinzety" tak, aby sa vedel samostatne pohybovať v okolitom prostredí s ohľadom na jeho funkciu. Predkladaná téma má za cieľ skúmať možnosti robotizácie biofyzikálnych experimentov akými sú napr. merania vlastností nanočastíc (teploty, mechanických vlastností, SERS), fúzia buniek, transport liečiv, triedenie buniek.

Téma: Úloha membránových kontaktných miest medzi ER a mitochondriami pri neurodegeneratívnych ochoreniach a vplyv fotobiomodulácie na ich funkciu


Školiteľ: doc. RNDr. Katarína Štroffeková, PhD.

Forma štúdia: denná

Anotácia: Prítomnosť membránových organel (endoplazmatické retikulum, ER, Golgi aparatus, GA, mitochondrie atď.) v eukaryotických bunkách umožnila kompartmentalizáciu biochemicky odlišných prostredí a diverzifikáciu metabolických funkcií, ale tiež podmienila potrebu komunikácie a koordinácie medzi organelami. Komunikácia prebieha viacerými spôsobmi ako sú signálne cesty, transport vezikúl a prostredníctvom priamych membránových kontaktných miest (MCSs). Kontatné miesta medzi ER a mitochondriami (MAMs) hrajú úlohu pri syntéze a metabolisme lipidov, sú miestom regulácie Ca2+ homeostázy, a tiež miestom regulácie dynamiky a biogenézy mitochondrií. Pri neurodegeneratívnych ochoreniach (AD, PD, ALS) sú funkcie MAMs výrazne narušené. Výskum v tejto téme bude zameraný na štúdium mechanizmov komunikácie v MAMs v poškodených neurónových bunkách a možný vplyv fotobiomodulácie na funkciu MAMs. Vo výskume bude použitý interdidisciplinárny prístup s využitím merania metabolických tokov v bunkách, fluorescentnej mikroskopie, spektroskopie a molekulárnej biológie.

Téma: Rekonštrukcia 3D informácie biologických objektov v tvrdej RTG oblasti z limitovaného počtu projekcií


Školiteľ: doc. RNDr. Jozef Uličný, CSc.

Školiteľ špecialista: dr. Patrik Vagovič, PhD., / CFEL a XFEL Hamburg

Forma štúdia: denná

Anotácia: získanie 3D štruktúry submikroskopických biomedicínskych objektov extrémne intenzívnymi femtosekundovými pulzmi koherentného tvrdého RTG žiarenia vyžaduje simultánne získanie viacerých projekcií objektu prv než dôjde k jeho radiačnému poškodeniu[TDR13]. Našej skupine sa podarilo takýto experimentálny setup navrhnúť aj úspešne otestovať[DIA17]. Úlohou tejto PhD práce je nadviazať na túto prácu a vytvoriť rekonštrukčné postupy pre CDI aj holografické zobrazovacie modality modelových objektov[HRI16]. Oproti doteraz známym postupom používaným pri rekonštrukcii CT je potrebné využiť apriórnu informáciu o objektoch vrátane informácií z fiduciálnych nanočastíc (zlaté nanokryštály resp. iné nanočastice s vysokou elektrónovou hustotou) v kombinácií s technikami umelej inteligencie[PAG06,LOH09]. Práca predpokladá podieľanie sa na zobrazovacích experimentoch (dr. Patrik Vagovič, Single Particles and Biomolecules workstation, European XFEL, Hamburg).

Téma: Spektroskopické štúdium organickej hmoty v kostnom tkanive a vaječných škrupinách vyhynutých organizmov


Školiteľ: RNDr. Zuzana Jurašeková, PhD.

Školiteľ špecialista: doc. RNDr. Martin Kundrát, PhD., /CIB TIP-UPJŠ

Forma štúdia: denná

Anotácia: Dlhodobá paradigma v štúdiu degradácie organickej substancie nepovažovala zachovanie mäkkých tkanív organizmov z obdobia druhohôr za možné. Tento názor zásadne revidovali nedávne objavy Jeholskej bioty v Číne. Jeholské skameneliny organických zvyškov sú viazané na tafonomické procesy spojené s vulkanickou činnosťou. Iným faktorom, ktorý prispieva k mumifikácii tkanív je arídne prostredie, typické pre nálezy druhohornej fauny z púšte Gobi. Tento doktorandský projekt je zameraný na pochopenie tafonomickej selektivity zachovania fosílnych biomolekúl a minerálnej replikácie mäkkých tkanív vplyvom odlišných klimatických a ekologických faktorov. Hlavnou analytickou technikou je Ramanova spektroskopia, ktorej využitie pre analýzu fosílnych biomolekúl je ďalšou, metodickou, úlohou uvedeného projektu. Objektom štúdia budú fosílne tkanivá živočíchov z obdobia druhohôr a treťohôr z Európy, Ázie, Madagaskaru, Austrálie a Nového Zélandu.

Téma: Transport liečiv v biologických systémoch


Školiteľ: doc. Mgr. Gregor Bánó, PhD.

Školiteľ špecialista: prof. RNDr. Pavol Miškovský, DrSc.

Forma štúdia: denná

Anotácia: Z hľadiska optimalizácie medikamentóznych liečebných postupov je nevyhnutné poznať farmakokinetické vlastnosti používaných liečiv. Časový priebeh rozloženia koncentrácie účinných látok v organizme je v značnej miere ovplyvnený transportom molekúl v krvnom riečišti, v tkanive resp. v samotných bunkách, pričom významnú úlohu zohráva prechod látok cez biologické membrány. Transport látok cez membrány je možné sledovať pomocou modelových systémov (ku ktorým patria vezikuly alebo rôzne umelé lipidové dvojvrtsvy) alebo priamo na živých bunkových kultúrach. Predmetom práce je experimentálne štúdium transportu liečiv v roztokoch a membránach využitím modulárnej mikro-Ramanovej aparatúry v kombinácii s optickou pinzetou. Projekt zahŕňa vývoj nových experimentálnych techník na sledovanie dynamiky pohybu liečiv v biologických systémoch.



Akcie


2017-05-18


Otvorenie Relaxačného kútika Mark pre študentov


2017-05-11


Selected topics in magnetism



Meno:


Heslo:

Inštitúcie


Univerzita P. J. Šafárika v Košiciach
Prírodovedecká fakulta UPJŠ

Katedry


Katedra biofyziky
Katedra fyziky kondenzovaných látok
Katedra jadrovej a subjadrovej fyziky
Katedra teoretickej fyziky a astrofyziky
Oddelenie didaktiky fyziky

Projekty


Establish
Modernizácia vzdelávania
Veda na scéne Slovensko
SCIENCENET
Nebojte sa fyziky
Študenti a učitelia v CERNe
Objavujme krásy fyziky
Tvorivý učiteľ fyziky

Projekty


SeeVogh System
Moodle
Celim

SeeTheStats Štatistiky © 2012 adaras.sk, All Rights Reserved